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Es werden Untersuchungen für Veterinärämter sowie für Lebensmittelbetriebe durchgeführt. Zusätzlich werden Hygieneberatungen und -kontrollen angeboten sowie Qualitätssicherungskonzepte nach den Prinzipien des Hazard Analysis Critical Control Point-Konzeptes (HACCP) erstellt.
Das vom BAG mitfinanzierte Nationale Zentrum für enteropathogene Bakterien und Listerien (NENT) ist seit 1. Mai 2009 Teil des Instituts für Lebensmittelsicherheit und hygiene der Universität Zürich.
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Das vom BLV finanzierte Referenzlabor für Salmonellen und Campylobacter für den Lebensmittelbereich ist seit 1. Janaur 2018 Teil des Instituts für Lebensmittelsicherheit und hygiene der Universität Zürich.
Das vom BLV mitfinanzierte Nationale Referenzlabor für Shigatoxin-bildende E. coli (STEC) ist seit 1. Februar 2010 Teil des Instituts für Lebensmittelsicherheit und hygiene der Universität Zürich.